Cada vez es más común que los autónomos trabajen para sociedades (ya sean empresas grandes o pymes) o incluso que una sociedad contrate a un autónomo para externalizar servicios.
Sin embargo, este tipo de relaciones comerciales, si no se gestionan correctamente, pueden despertar sospechas en Hacienda o la Seguridad Social, sobre todo si se confunden los límites entre una relación mercantil y una laboral encubierta.
En este artículo te explicamos cómo facturar correctamente entre autónomos y sociedades, qué requisitos fiscales cumplir y cómo evitar sanciones o problemas legales por una mala interpretación de la relación profesional.
1. ¿Cuándo puede un autónomo facturar a una sociedad?
Un autónomo puede facturar a una sociedad (SL, SA, cooperativa, etc.) siempre que la relación sea mercantil, es decir, que trabaje por cuenta propia, con autonomía y asumiendo sus propios riesgos.
Esto es perfectamente legal y habitual, por ejemplo:
- Un diseñador gráfico autónomo que realiza el branding de una empresa.
- Un consultor que asesora a una pyme.
- Un electricista autónomo que presta servicios a una constructora.
El problema aparece cuando el autónomo trabaja exclusivamente para una sociedad, cumpliendo horarios, usando sus medios y bajo su control. En ese caso, Hacienda o la Inspección de Trabajo podrían considerar que existe una relación laboral encubierta.
2. Riesgo principal: la “falsa relación mercantil”
La llamada “falsa relación mercantil” ocurre cuando un autónomo en realidad funciona como un empleado, pero factura para aparentar una relación de prestación de servicios.
Esto suele hacerse —a veces sin mala intención— para ahorrar costes en cotizaciones y nóminas, pero la ley lo considera fraude laboral y fiscal.
Indicadores que pueden levantar sospechas:
- El autónomo trabaja solo para una empresa y no tiene otros clientes.
- Utiliza las instalaciones, equipos o recursos de la sociedad.
- Cumple horarios o instrucciones como un empleado.
- No asume riesgos económicos ni decide sobre su trabajo.
- Recibe una remuneración fija mensual en lugar de pagos por proyecto.
En estos casos, la Inspección puede obligar a la empresa a dar de alta al autónomo como trabajador y reclamar las cotizaciones no ingresadas a la Seguridad Social, además de imponer multas.
3. Cómo debe ser una facturación correcta entre autónomos y empresas
Para evitar sanciones, es importante que la relación entre ambas partes quede perfectamente documentada y justificada.
Requisitos básicos:
- Emitir factura con todos los datos obligatorios:
- Nombre, NIF y domicilio fiscal del autónomo y de la sociedad.
- Descripción detallada del servicio prestado.
- Fecha y número correlativo de factura.
- Base imponible, IVA e IRPF correspondientes.
- Aplicación correcta del IVA
- En la mayoría de los casos, las facturas de autónomos a empresas llevan IVA (21%, salvo excepciones).
- Si el servicio está exento (por ejemplo, formación reglada o servicios médicos), debe indicarse el motivo legal de la exención.
- Retención de IRPF
- Si el autónomo trabaja como profesional (epígrafe de actividades profesionales), debe aplicar una retención del 15% de IRPF (7% si es nuevo autónomo durante los dos primeros años).
- La sociedad es la responsable de ingresar esa retención en Hacienda a través del modelo 111.
- Pago y justificación del servicio
- El pago debe realizarse por medios trazables (transferencia o ingreso bancario).
- Conviene conservar los contratos, correos y justificantes que prueben que la relación fue mercantil y no laboral.
4. Relación habitual: el socio o administrador que factura a su propia sociedad
Uno de los casos más delicados es el del socio o administrador de una sociedad limitada que además factura a la empresa como autónomo por sus servicios.
Esto no siempre es legal ni recomendable, y Hacienda lo revisa con lupa.
En general:
- Si el socio controla la sociedad (más del 25% del capital) y presta servicios personales y continuados, no puede facturarle como autónomo externo.
En ese caso, debe estar dado de alta en el Régimen de Autónomos (RETA) como socio trabajador o administrador, pero sin emitir facturas a la empresa por sus funciones ordinarias. - Solo podría facturar si se trata de servicios diferentes a los que realiza como administrador, y si existe independencia real y justificada (por ejemplo, un socio que además desarrolla una actividad profesional distinta).
De lo contrario, Hacienda puede considerar que la facturación es simulada para evitar cotizaciones o impuestos.
5. Facturación entre sociedades: ¿cómo se regula?
Si una sociedad factura a otra, la relación se rige por contratos mercantiles, no por la legislación laboral.
Aquí el foco está en cumplir las obligaciones fiscales correctamente:
- Facturas con IVA al tipo correspondiente (normalmente 21%).
- No hay retención de IRPF, ya que se trata de una persona jurídica.
- Ambas empresas deben registrar las operaciones en sus libros contables.
Además, si la facturación entre sociedades es recurrente o elevada, conviene formalizar un contrato de prestación de servicios que detalle el alcance, duración, precios y condiciones de pago.
6. Cómo evitar sanciones: consejos prácticos
Evitar sanciones es posible si se actúa con transparencia, coherencia y buena documentación.
Aquí tienes algunos consejos básicos para estar del lado seguro:
Checklist práctica:
☑ Formaliza un contrato de prestación de servicios con la sociedad.
☑ Define claramente el objeto, duración y precio del servicio.
☑ Asegúrate de emitir facturas correctas con IVA e IRPF (si aplica).
☑ Trabaja para más de un cliente siempre que sea posible.
☑ Evita usar medios, horarios o estructuras de la empresa cliente.
☑ Guarda todos los documentos, correos y pagos bancarios como prueba.
☑ Si eres socio de una SL, consulta a tu asesor fiscal antes de facturarle.
7. Sanciones más comunes por una facturación irregular
Las sanciones pueden provenir tanto de Hacienda como de la Seguridad Social.
Hacienda puede imponer:
- Multas del 50% al 150% del importe defraudado si considera que la facturación fue simulada o incorrecta.
- Recargos e intereses de demora por no ingresar correctamente el IVA o el IRPF.
Seguridad Social puede exigir:
- El alta retroactiva del trabajador y el pago de todas las cotizaciones pendientes (hasta 4 años atrás).
- Multas por infracción grave, que pueden superar los 10.000 euros.
En los casos más graves, podría incluso iniciarse un procedimiento por delito fiscal o fraude a la Seguridad Social.
8. Conclusión: transparencia y asesoramiento, tus mejores aliados
La facturación entre autónomos y sociedades es totalmente legal si se hace correctamente y la relación es realmente mercantil.
El problema no está en emitir facturas, sino en disfrazar relaciones laborales o no cumplir las normas fiscales.
Por eso, antes de empezar a facturar, conviene consultar con un asesor fiscal o laboral que te ayude a establecer la relación de forma clara, con contratos, facturas bien emitidas y obligaciones tributarias al día.
Recuerda: en el ámbito legal y fiscal, prevenir siempre es más barato que corregir.
Una revisión periódica de tu situación puede ahorrarte miles de euros en sanciones y darte la tranquilidad de trabajar con todas las garantías.